高效能基因定序微衛星基因定型臨床基因體SNP基因定型功能基因體生物資訊
賽亞基因為亞洲最先進的基因體研發生技製藥公司,為了建立與歐美生技大廠並駕齊驅的研發實力,早日為亞洲人的健康做出貢獻,賽亞基因精心建構六大基因體技術中心,一方面配合內部研發所需,加速進行B型肝炎、C型肝炎,氣喘、糖尿病等亞洲易發疾病之藥物基因體學研發,另一方面,也積極與國內生技產業產官學界各方面密切合作,以發揮資源整合效益,協助提升國內基因體研究的水準。
高效能基因定序
高效能基因定序之功能在於利用自動化儀器及品質控管系統,建立高效能,高準確度且符合經濟效益之定序特殊技術。

賽亞基因的高效能基因定序採用先進的ABI3700毛細管定序儀、定序反應試劑並配合自動化儀器及品質控管系統,不但能夠提供基因體定序、單一核甘酸多型性偵測確認之需求,亦能支援其它功能基因體研究,如 cDNA、EST、SAGE、插入突變/ 轉殖基因定位等之基因定序工作。

因應高效能基因定序所需之資料管理與分析,賽亞基因目前已建構了二套實驗室資訊管理系統(Nautilus LIMS、Sequencing)、一套DNA定序之自動化品質控管(QA/QC)系統與六套自動化資料分析系統(blast matching、sequencing quality、SNP analysis、primer design、genome browser、information viewer)。同時並架構了相對應所需之關連式資料庫,以供資料儲存、分析與採擷。

微衛星基因定型

微衛星基因定型主要是利用人類基因體中重複序列,在不同個體間對偶基因重複次數不同來進行基因定型,其主要應用在為遺傳疾病基因的染色體定位,找尋疾病之標的基因。

賽亞基因的微衛星基因定型採用全自動ABI3700毛細管定序儀進行微衛星基因定型,而在標誌組上建立平均等距分佈於各染色體的全基因體標誌組技術平台:包括(1)中密度ABI PRISMRLinkage Mapping Set MD-10標誌組合含400個標誌,平均間距為10cM。(2)高密度ABI PRISM®Linkage Mapping Set HD-5含811個標誌,平均間距5cM。

本公司已成功整合世界主要西方STR資料庫,包含NCBI、ABI、GDB、Marshfield Clinical與Cedar Genetics等單位的STR資訊,建構關聯性資料庫及基因體搜尋系統介面,確保資料之完整性,並加快資料搜尋之速度與效率。此外,經由實驗所產生之華人族群相關之STR資料亦已匯入,並建立亞洲華人族群STR標誌多型性資料庫。

因應微衛星基因定型所需之資料管理與分析,賽亞基因目前已建構了四套自動化資料分析系統(blast matching、primer design、genome browser、information viewer)與二套實驗室資訊管理系統(Nautilus LIMS、Sequencing),同時並架構相對應所需之關連式資料庫,以供資料儲存、分析與採擷。

單一核甘酸多型性基因定型
單一核甘酸多型性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 是指個體間單一對核酸之差異性,SNP影響個人對疾病之抵抗力及藥物作用之安全性及有效性,不同族群及遺傳背景表現出之不同藥理特性,SNP定型技術可以應用於探討遺傳因子與藥效及高發病危險群之關係,進而發展出精準的基因用藥,並可針對特定基因調製建立個人專屬療法使其療效更加有效副作用更少。此外,目前已發展出以單倍型(Haplotype)來作為基因體研究與疾病或藥物反應間關聯性研究的重要工具,而SNP為組成單倍型的重要資訊來源。

賽亞基因的單一核甘酸多型性基因定型採用高準確性TDI-FP及ABI 3700毛細管定序儀進行SNP定型並配合整合性SNP資料庫進行分析比對;公司已成功整合世界主要SNP資料庫,包含dbSNP、Celera、TSC與JSNP等單位的SNP資訊,建構關聯性資料庫及基因體搜尋系統介面,可確保資料之完整性,並加快資料搜尋之速度與效率。此外,經由實驗所產生之華人族群相關之SNP資料,也將匯入,將可強化亞洲華人族群SNP標誌多型性資料庫及華人族群Haplotype資料庫。

臨床基因體
賽亞基因已陸續與醫療院所或健檢中心合作,採集亞洲地區人類之檢體。由於導致各種疾病之原因多非來自單一因子,除了每個人基因表現之差異外,環境因子、暴露於有害物質、生活及飲食習慣等,皆可能與基因表現產生交互作用,改變個人對於疾病的感受性。因此,賽亞基因之主要目標除了收集亞洲地區人類之臨床檢體標本之外,亦將收集其臨床表現型、族群背景、生活環境、及個人日常習慣等資料,並以期建立一個完整的亞洲地區各族群之樣本資料庫,提供給各項基因研究計畫使用。

因應臨床基因體所需之資料管理與分析,賽亞基因目前已建構了二套實驗室資訊管理系統(Nautilus LIMS、Clinical Sample Database)。同時並架構了相對應所需之關連式資料庫,以供資料儲存、分析與採擷。

功能基因體
功能基因體係以Affymetrix之寡核?酸微陣列(Oligonucleotide Microarray)技術平台為主,並採用該公司出品之GeneChipR 生物基因晶片系列。此類晶片乃運用半導體製程之原位光罩(photolithography)專利及固相表面化學(solid-phase chemistry)等技術在晶片上定點合成寡核甘酸,不單可以增加晶片表面探針(probe)的密度與數量,更可增進個別探針含量的一致性,促使定量的準確度提昇許多。故為全球各大實驗室所公認最可靠、最佳標準及最高實驗重複性之高效能基因表現分析儀器,因此各個不同實驗室所得實驗結果均可用來相互比對。賽亞基因不惜巨資建構此一技術平台,並運用它廣泛從事有關基因體及臨床醫學疾病診斷等相關領域的研發工作,其主要應用有以下兩大方向:


(一) 致病基因
  1基因表現:以基因群的特定表現,廣泛研究疾病成因,結合舊有對單一基因的了解,擴大深
   入探討共同基因表達的效應。
  2發現新基因:深入研究人類所有基因的特異表達,尋求新的致病因子,進一步可推測它所參
   與的訊號傳遞路徑 (signal transduction pathway),以區分病態與常態細胞或組織間的差
   異。
  3疾病分類:藉生物基因晶片的分析,可以用來當各種疾病之重要診斷指標,輔助病理切片的
   缺失與不足,以基因群特異之表達來區分癌病病理發展的等級。基因晶片分析可加速生物標
   的 (marker) 的確認,並了解其在病理上的作用機轉,這些發現皆有助於新藥的開發。
(二) 新藥開發:
  1加速新藥通過臨床試驗進而得到認證的速度。FDA已認可Affymetrix晶片所提供的基因表達
   佐證藥物安全性 因而有助於新藥物通過認證。
  2深入了解藥物誘導基因表達的細節,可以探索(a)藥物效能; (b)藥物不良反應之原因。根據
   基因表達分型,可以提升藥物效能,避免不良反應,並篩檢患者提供互補性藥物之開發。
  3、疾病基因表現資料庫的建立:藉由資料庫與生物資訊工具的建立,所建立的基因表達特異
   圖譜,可用以發展新藥以對抗疾病。


此外,賽亞亦利用多項資料數據分析軟體系統進行實驗結果研析,俾使研發工作者能從龐大的數據資料中獲取豐富的有用訊息;配合逐步建立之實驗室資訊管理系統(Nautilus LIMS)及其對應之關連式資料庫,以利資料儲存、分析與擷取,本中心提供了國內最完善的功能基因體軟硬體研究設施。
生物資訊
生物資訊是結合生物學與資訊科學所產生的一門新興領域。賽亞基因的生物資訊部門結合生物、資訊、統計及數理相關國內外專才,提供最先趨、突破性的技術科技。藉由強大的電腦運算與資訊處理能力,研究人員將可整合與分析大量的資料,獲取對生物機制的整體觀點,並進一步衍生新的發現。

生物資訊擅長基因體學、功能基因體學與藥物基因體學相關的生醫資訊研發工作。研發領域包含:基因體序列分析與註解,基因體比較分析,SNP定位與搜尋,Haplotype分析,疾病關聯性分析,引子設計,基因晶片資料分析,蛋白體資料分析,高效能演算法的研究,相關領域軟硬體平台的整合、研發與推廣,資料庫建構架設,自動化分析流程的建立,實驗室數據資料系統之規劃與建構,系統生物學等等。

賽亞基因已建構完成高效率的基因體技術平台

高速定序

賽亞基因實驗室一隅

 
Dr. Genomix   BioSogo   GeneCore   CytoPharm